纳米孔基因测序读长长，更容易覆盖复杂区域和结构变异区域，且获得的长片段之间可以有更多的交叉重叠区域，更有利于组装获取正确的碱基顺序，得到短片段测序难以组装的重复序列等的准确序列，便于组装获得更完整的微生物基因组或完整的质粒，对其中的耐药、毒力等相关功能元件进行精细化的构成分析。

• 案例一

• 案例二

• 案例三

利用长片段测序技术分析微生物基因组，可同时鉴定单核苷酸多态性位点（SNP，Single Nucleotide Polymorphism）、插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）以及结构变异等信息，全面综合的获得微生物基因组突变信息，更有利于开展物种进化、种群特征、选择压力、水平基因转移等研究。

利用扩增子测序研究环境微生物多样性时，长片段测序可覆盖全长的保守区及可变区的序列（例如16S rRNA、18S rRNA、ITS等），更有利于微生物物种的精确识别及种水平的分类鉴定，从而更准确地研究物种组成与环境之间的关系。